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本发明涉及一种微囊藻毒素(MC)广谱识别单链抗体,该单链抗体以保藏号为CCTCC No.C2019的一株抗MC-LR的鼠杂交瘤细胞株为模板构建;该单链抗体对三种4号位精氨酸微囊藻毒素(MC-LR、MC-YR、MC-RR)具有相似的识别能力,对非4号位精氨酸微囊藻毒素MC-LA也具有较高的交叉反应率,广谱性高;该单链抗体被用于MC-LR的抗原表位预测,表明MC-LR的5号位Adda氨基酸的羰基和苯基,以及4号位精氨酸的胍基是MC-LR的关键抗原表位,该表位预测结果与抗体交叉反应率结果一致。该研究结果为MC家族半抗原设计、抗体的定向改造,以及抗体识别能力的理解提供了有益信息。