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本发明涉及一种棉花单位点质量基因在染色体的快速定位方法,属于生物技术领域。利用海陆F2定位群体构建的近等基因混池,筛选获得具有多态性的引物,而后检测隐性基因混池的9个单株、P-1、P-2以及F1的DNA,逐一记录它们的带型。据此,统计隐性混池的9个单株与隐性亲本P-1的带型一致的个体数,计算拟合率。选出与P-1带型拟合率在60%以上,且F1带型为显性带或共显性带的多态性引物,然后用这少量的似然引物检测F2分离群体,统计带型,软件分析,即获得与该质量基因连锁的SSR引物。实施例显示,该方法使利用F2定位群体筛选目标连锁引物的范围缩减达90%以上;可快速锁定与目的质量基因连锁的SSR引物,有效地减轻了基因定位的工作量,极大地提升了质量基因在染色体的定位效率。